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本发明涉及一种光响应型工程菌肠道靶向光遗传载体系统,所述系统为蓝光响应工程菌BL21@pH敏感微球载稀土纳米材料@酸‑碱‑酶稳定的双组分微球,该双组分微球为均匀包裹壳聚糖的工程菌BL21@海藻酸钠微球载稀土纳米材料@酸‑碱‑酶稳定微球。本发明光响应型工程菌肠道光遗传载体系统为一种蓝光响应工程菌BL21@pH敏感微球载稀土纳米材料@酸‑碱‑酶稳定的双组分微球,形貌均一,分散性好,可靶向炎症性肠病病灶部位,同时释放蓝光响应的工程菌BL21和稀土纳米材料@酸‑碱‑酶稳定微球,利用“光遗传技术”实现外源工程菌的精准有效定植,进一步实现对炎症性肠病的缓解与治疗。