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本发明提供了一种调控上转换发光纳米材料体内外自噬和毒性的方法,包括将多肽和上转换发光纳米材料混合孵育,以使所述多肽特异性结合纳米颗粒,其中,所述上转换发光纳米材料包含稀土。本发明利用稀土特异性结合多肽对上转换发光纳米材料的表面修饰,降低了上转换发光纳米材料在Hela细胞和Balb/c小鼠肝脏组织中的诱导细胞自噬的水平,进一步降低了上转换发光纳米材料的细胞毒性和肝损伤,提高了纳米材料的生物安全性;将稀土特异性结合肽连接肿瘤细胞靶向序列RGD合成双功能多肽RE-1-RGD,提高了上转换发光纳米材料诱导细胞自噬的能力,进一步增强纳米材料在肿瘤细胞中的毒性,有效提高了纳米材料的诊疗效果。