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本发明涉及磁性羧化壳聚糖/掺杂稀土复合微粒及其制备方法。采用原位合成法制备出磁性羧化壳聚糖/掺杂稀土复合微粒,首先,羧化壳聚糖与二价铁盐、三价铁盐反应生成磁性羧化壳聚糖,在此基础上加入稀土氯化物混匀,再加入氟化铵溶液制得磁性羧化壳聚糖/掺杂稀土复合微粒。本发明方法的制备工艺简单,工艺参数较易控制。制备得到的复合微粒具有较好的磁响应性与荧光特性,生物相容性好,毒性低,可作为多功能生物标记探针用于核磁共振成像与荧光成像,在靶向药物、酶的固定化、生物分子测定、细胞的分离等领域有广泛的应用。