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本发明提供一种对含有稀土纳米颗粒的生物组织进行染色的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1)染色溶液的制备：将酸、偶氮氯膦III和水混合以获得染色溶液，所述染色溶液的pH为2以下，并且所述偶氮氯膦III的浓度为5μg/mL至100μg/mL；和2)组织的染色：将所述含有稀土纳米颗粒的生物组织包埋在石蜡中并切片，将组织切片进行脱蜡处理，然后浸泡在所述染色溶液中10至30分钟，之后取出并洗涤。本发明还提供一种利用所述染色方法定量分析生物组织中的稀土纳米颗粒的方法。