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本发明公开了一种含有纳米稀土铈的微生物肥料及其制备方法,包括过磷酸钙、硫酸钾、氯化铵、硼酸、硝基腐殖酸、普钙、纳米稀土铈为、纳米氧化锌为、固氮菌、根瘤菌、芽孢杆菌、抗生菌、外生菌根菌、有机肥、维生素、褐煤、微量元素和适量的去离子水,该纳米稀土铈的微生物肥料可以植物的增强光合作用,能促进种子萌发和根系生长,增强作物的抗逆能力,提高农产品的产量,改善产品品质,增强农药效果,降低有害物质残留量,其中芽孢杆菌可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来,转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物;固氮菌能够产生生长素、环己六醇、泛酸、吡哆醇、硫胺素等多种活性物质,纳米稀土铈和纳米氧化锌具有高效的灭菌效果。