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本发明提供一种可防止氮化物系化合物半导体层产生翘曲、能够使面内偏角的偏差小的氮化物系化合物半导体层以良好的再现性生长的技术。在利用HVPE法制造氮化物系化合物半导体基板的方法中,在第1生长温度下,在稀土类钙钛矿基板上形成低温保护层(第1步骤),在高于第1生长温度的第2生长温度下,在该低温保护层上形成包含氮化物系化合物半导体的厚膜层(第2步骤)。在第1步骤中,对HCl及NH3的供给量进行调整,使HCl与NH3的供给比III/V为0.016~0.13,形成膜厚50~90nm的低温保护层。