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本发明涉及一种抗菌稀土三元配合物及其制备方法和应用，该化合物的化学式为：RE(L)(A)(H2O)，其中，RE选自稀土离子La3+、Ce3+、Pr3+、Nd3+、Sm3+、Eu3+、Y3+、Er3+或Gd3+中的一种或一种以上，L为席夫碱水杨醛缩苯丙氨酸或席夫碱水杨醛缩天冬氨酸，A为邻菲咯啉或吡啶。本发明还提供该化合物的制备方法及其在抗菌中的应用。本发明的稀土三元抗菌剂制备方法简单、产品抗菌能力强，可以作为新型抗菌剂应用于环境净化领域。